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轉錄組-單細胞RNA測序

單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA-sequencing) 是指在單細胞水平上對 RNA進行高通量測序和分析的新技術。 不同于常規 Bulk Sequencing(組織或細胞群測序) 得到的結果只是大量細胞的平均表達水平,單細胞測序能夠深入挖掘細胞特異性的信息。 目前,單細胞測序已廣泛應用于腫瘤異質性、免疫微環境、神經科學、胚胎發育、細胞分化等領域的研究。


伯豪特色

6年的單細胞服務經驗,協助客戶在Cell Research、Nature Neuroscience等雜志上發表文章。

擁有三大單細胞測序服務平臺,包括低通量的SMART-seq,以及高通量的10X genomicsBD Rhapsody的單細胞RNA測序服務平臺。

自主研發的單細胞組織保護液,保證了新鮮組織樣本的低溫存儲和運輸。

累計成功完成30余種組織類型的單細胞懸液制備(包括人外周血液細胞,臨床組織及大小鼠組織或器官)。針對單細胞懸液制備過程中遇到的主要問題,如死細胞比例高、活性達不到上機要求;細胞形態異常;細胞消化不完全、聚集成團、碎片偏多、紅細胞比例偏高等,公司單細胞測序團隊通過已經積累的經驗,為客戶提供合理化的建議,提高單細胞測序的成功率。

 完善的數據處理方法,及個性化的分析方法.


技術參數

SMART-seq

1. 建庫起始量:1~100 cells;

2. 測序模式:Illumina HiSeq PE150;

3. 推薦數據量:>=6 Gb/樣本。


10X genomics & BD Rhapsody

1. 總量> 105目標細胞個數(最少10,000個細胞);

2. 濃度500-1,000個/uL;

3. 細胞間無粘連(成團率<5%);

4. 無大于40um的細胞碎片或其他顆粒物;

5. 細胞成活率應大于80%(臺盼藍染色檢測);

6. 不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子。

 

服務流程

 

數據分析

包括數據預處理,基礎分析,高級分析和個性化分析,部分分析結果展示如下:

 

消除批次效應

 

細胞亞群聚類及可視化

 

細胞類群注釋

 

不同 cluster 轉錄本表達豐度分布統計                                             不同 cluster 細胞數目統計

 

Marker 基因分析

 

患者之間的代謝特征差異分析

 

擬時序分化轉錄因子調控網絡